Das Baurekursgericht besteht aus vier Abteilungen mit je einem Präsidenten und drei Mitgliedern sowie der Gerichtskanzlei.

Die Abteilungspräsidenten, die weiteren Mitglieder und zwölf Ersatzmitglieder werden vom Kantonsrat gewählt. Die Richter üben ihre Funktion im Nebenamt aus. Hauptberuflich sind sie in der Mehrzahl in den Bereichen Bau, Architektur, Planung, Ingenieurwesen sowie Umweltschutz tätig und bringen damit das für die Beurteilung der Rekursfälle notwendige Fachwissen ein.

Das Plenum des Baurekursgerichts konstituiert sich jeweils bei Beginn und auf Mitte einer Amtsperiode, wählt den Gerichtspräsidenten, den Gerichtsvizepräsidenten sowie die Abteilungsvizepräsidenten.

Die Gerichtsleitung ist das zentrale Führungs- und Aufsichtsorgan. Sie besteht aus dem Gerichtspräsidenten, dem Gerichtsvizepräsidenten, dem Kanzleichef und den beiden Kanzleichefstellvertretern.

Der Kanton Zürich ist gemäss Plenarbeschluss in vier Baurekursgerichtskreise, welche grösstenteils den Bezirksgrenzen folgen (Ausnahme Bezirk Meilen), eingeteilt. Für jeden Gerichtskreis ist eine der vier Abteilungen örtlich zuständig.

Ergänzend zu dieser örtlichen Zuständigkeit ist für alle Geschäfte betreffend Grunderwerb durch Personen im Ausland (Lex Koller) die 1. Abteilung, für alle Geschäfte betreffend landwirtschaftliche Streitigkeiten gemäss Landwirtschaftsgesetz die 3. Abteilung und für alle Geschäfte betreffend Gebäudeversicherungs- und Feuerwehrwesen die 4. Abteilung zuständig.